В годы гражданской войны город разбивается на участки, за чистоту которых отвечает санитарный надзиратель. Главной бедой, которая уносила все средства и мешала налаживанию работы органов здравоохранения, в это время оставались эпидемии. По сравнению с довоенным временем заболеваемость увеличилась в три раза. С 1919 года в городе открываются госпитали, которые в спешном порядке оборудуются банями, ваннами, посудой. При городской больнице открывается дезинфекционная камера. С целью профилактики и лечения инфекционных заболеваний в уезде проводятся "Недели крестьянина", организуются летучие санитарные отряды, которые осматривают население уезда, проводят лечение, поверяют санитарно-гигиенические условия жизни крестьян, читают лекции.
25-30 января 1920 года был образован Курганский отдел здравоохранения, в подчинении которого находились больницы, зубной кабинет, санитарная инспекция, бактериологическая лаборатория, санитарная амбулатория, дезотряд, дом ребенка, врач контрольной комиссии. На тот момент в городе было 4 больницы (1 - детская), в уезде -10 врачебных участков. Открылась малярийная станция. В1929 году - станция скорой помощи. С декабря 1929 года город разбивается на 3 района, в каждом из которых - свой врач. Организуются детские приюты, решается вопрос по детскому питанию.